在清洗六一電泳槽之前，首先有兩點需要注意。首先是陽極電解槽和陽極管罩在清洗時不應安裝上，第二點是應先將超濾系統關閉。
六一電泳槽清洗步驟：
1）使用檢漏中所使用的水將電泳槽重新灌滿；
2）加入堿性脫脂劑（如：氫氧化鉀），濃度約為1.5-2.0%，pH為12.0-14.0；
3）啟動循環泵，使溶液循環24小時；
4）在24小時的循環中，使所有的閥門啟、閉數次，這樣可使閥門中所可能積存的碎屑雜物去除掉；
5）在脫脂液循環24小時后，將它轉移到下一個需要清洗的大的浸漬槽中。在脫脂液泵送出電泳槽時，隨著溶液液面的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。沖洗后排空電泳槽中的液體到浸漬槽中作清洗用；
6）用新的自來水將電泳槽再次注滿；
7）開動循環泵；
8）用醋酸將槽中水的pH調整到6.0-7.0，將調整好pH的水循環24小時。循環后的水也要像以前脫脂清洗溶液一樣依次利用作清洗以后的各槽；
9）將調節好pH的水依次轉移入其余各槽作清洗；
10）在將調節好pH的水泵送移出電泳槽時，隨著液位的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。然后，排空電泳槽中的水到其它浸漬槽中作清洗用；
11）向電泳槽的泵的堰箱中灌注去離子水，啟動泵，用去離子水沖洗管道，將此步驟重復3-4次。
12）將其它浸漬槽和噴淋槽重復上述各清洗步驟，同時要依次清洗好浸漬水洗、噴淋水洗、涂料輸送系統、涂料貯槽、超濾貯箱等的清洗；
13）在作完所有槽子和系統的清洗后的脫脂液和調整pH的水要送到廢水處理系統作廢水處理；
14）檢查去離子水的電導，如果低于25us/cm，取水樣作檢查（縮孔試驗）批準，確認系統是否已清洗干凈，后準備補加涂料至電泳槽內。
